Przekazanie jednostce samorządu terytorialnego należnej jej części oświatowej subwencji ogólnej nie zawsze oznacza, że te środki finansowe trafią do szkoły, w której kształci się uczeń o szczególnych potrzebach edukacyjnych. Powstaje w związku z powyższym problem charakteru środków prawnych przysługujących dyrektorowi szkoły w stosunku do organu prowadzącego szkołę (jednostki samorządu terytorialnego) w zakresie wypłaty należnej tej szkole części subwencji oświatowej. Porównanie wysokości subwencji wypłacanej na ucznia „przeliczeniowego” z subwencją wypłacaną na ucznia o szczególnych potrzebach edukacyjnych jednoznacznie wskazuje, że chodzi tu o kwoty znaczące. O ile bowiem w przypadku przywołanej już wyżej gminy subwencja na jednego ucznia przeliczeniowego wynosi 7867,87 zł, o tyle na ucznia z upośledzeniem umysłowym w stopniu głębokim, realizującego obowiązek szkolny lub obowiązek nauki poprzez uczestnictwo w zajęciach rewalidacyjno-wychowawczych organizowanych w szkołach podstawowych i gimnazjach, kwota ta wynosić będzie już 60 467,92 zł.
Z punktu widzenia zasad finansowania działalności oświatowej przez jednostki samorządu terytorialnego z wykorzystaniem części oświatowej subwencji ogólnej podstawowego znaczenia nabiera dyspozycja art. 7 ust. 3 ustawy z dnia 13 listopada 2003 r. o dochodach jednostek samorządu terytorialnego (Dz. U. Nr 203, poz. 1966) - dalej u.d.j.s.t., zgodnie z którym o przeznaczeniu środków otrzymanych z tytułu subwencji ogólnej decyduje organ stanowiący jednostki samorządu terytorialnego. Zakwalifikowanie subwencji oświatowej nie jako subwencji celowej, lecz jako części subwencji ogólnej oznacza, że jednostka samorządu terytorialnego zasadniczo samodzielnie decyduje o przeznaczeniu otrzymanych środków finansowych. W sytuacji takiej w sporze pomiędzy szkołą publiczną a jednostką samorządu terytorialnego, która jest organem prowadzącym, droga sądowa, i to zarówno na płaszczyźnie postępowania cywilnego, jak i administracyjnego, nie przysługuje.